Thunderbird 24.3.0で仕様が変わり、Bccで来たメールにはBcc相手に返事ができないようになったらしいのですが、その挙動というのが「返信時にBcc一括削除」で行なわれているらしく、アカウント設定で追加している自分宛Bccも消えてしまうのです。
「Bccで来たメール」の判定はToかCcに自分が含まれているかどうかのようで、つまりメーリングリストの類(グループアドレス)で来たメールでも、自分宛の追加Bccが消される現象が発生します。
グループアドレス宛のメールなら、Bccを追加すれば結果として2通になりますから削除は嬉しいとして、冒頭の目的で受信フォルダに入れるため、意図的に自分宛で送ったメールへの返信をする際にも消えるのは困ります。
Thunderbirdを使う限りにおいては、全文検索よりグローバル検索の方が使用頻度が圧倒的に高いため、送信控えを送信済フォルダでなく受信フォルダに指定し、「送信元のメッセージと同じフォルダに返信を保存」のチェックを入れておけば充分そうですが。
でもわざわざ追加しているBccまで消えるのは、意図と違った挙動に思います。特別に扱われるべきです。